マングローブは陸から流れ込む泥や土、栄養分をたくさん含んだ水を受け止めるフイルターのような役割を持っています。
土地開発で流れ出た泥や土などがサンゴの海に直接流れ込むとプランクトンが大量に発生したり、透明度が落ちてサンゴに必要な光が届かなくなったりします。
サンゴを中心として成り立っている海の生態系を変えないように、マングローブはしっかりと余計なものを受け止めています。
それと同時に、荒い波で海岸がけずりとられるのを防ぐ役割もあります。
沖縄県内の多くの場所では、マングローブが失われてしまった結果、大雨の時に赤土が海に流れ込み、その赤土でサンゴ礁が死んでしまいました。
マングローブ林は、赤土の堆積を促進するため、赤土が海に流れだすことによるサンゴ礁の被害を防ぐ上でも大切なのです。

また、サンゴ礁域で生まれた多くの小魚・小カニ・小エビなども、マングローブ林を隠れ家にしたり採餌場所にしたりしているので、サンゴ礁とマングローブ林は、とても密接なつながりがあるのです。したがって、マングローブ林とサンゴ礁のどちらか一方がなくなってしまうと、マングローブ生態系とサンゴ礁生態系の両方に影響が出てしまいます。