アマミトゲネズミは、哺乳網ネズミ目ネズミ科に分類される哺乳類です。

トゲネズミ属は、南西諸島に生息する齧歯類(げっしるい=ネズミのなかま)の1属で、3種が確認されています。
いずれの種も日本固有種で、トゲネズミとよばれています。
ふつうは夜に活動しますが、まだ分かっていないことがたくさんあります。
繁殖期は10～12月のあいだで、一回の出産数は1～7匹です。食性は雑食性で、イタジイの種や昆虫を食べていますが、山の畑のサツマイモなどを食べることもあります。
常緑広葉樹(イタジイ)の自然林と二次林に住んいて、その木の穴や根元にかくれていることがあります。
ハブにおそわれても、60cmをこえるジャンプによって、攻撃をさけることがあり、また、ハブの毒に対しても、あるていどの耐性をもっています。

背中は黒とオレンジ色をおびた黄褐色、おなかは灰色がかった白色です。
毛には3種類があり、先端は褐色が強いやわらかい上毛と、先端が黒色でするどくとがった灰色の針状毛(長さ約20mm・幅約1mm、口と四肢を除く)、および先端は黒褐色で基部が黄褐色の差し毛(長さ30mmで背中のみ)があります。
奄美に住むアマミトゲネズミは、沖縄島産より体の色の赤みが少なくなっています。
頭から胴までの大きさは89～160mm、尾の長さは61～135mmで、沖縄島産より、やや小型です。