リュウキュウアユは、条鰭綱サケ目キュウリウオ科に分類される魚です。

清流を好み、春から夏の間は、おもに川の中流域で成長します。
秋になると川を下って中流域の下のほうに集まり卵を産みます。産卵期は12～2月頃、産卵する場所は河口から1Km付近の瀬です。
砂利に産みつけられた卵は約10日間で孵化します。産まれた子アユは流れ下って、海ですごし、3～5月に海から川をさかのぼります。
エサは岩盤や石礫の付着藻類を食べています。しかし、台風のあとや、日照りつづきの時には、エサの藻類が不足するため、水生昆虫も食べることがあります。

体は全体的にややずんぐりしており、背びれの形がほかのアユとはすこしちがっています。
胸びれの条数が平均12条で、アユの14条より少なくなっています。ウロコは大きくて、数が少なくなっています。
体の大きさは10～20cm。背中は青みがかったあわいオリーブ色で、おなかは銀白色です。胸びれの後ろがわに黄色いもようがあります。
背びれの後ろには、膜のような ｢あぶらびれ｣ があります。